秘密行动组第三季开始,Jonas在逃往巴拿马时被政府刺客盯梢。在华盛顿,Col. Ryan尝试去搞清楚谁是试图拆散秘密行动组的幕后黑手,想要了解接近真相的答案。在回基地时,Tiffy去监狱看望悲惨的Mack,希望能拯救他们崩溃的婚姻。Kim把孩子安置好之后回到德克萨斯的家。最后,Jonas和他的团队一边逃避被追捕,一边尝试找出秘密组织瓦解背后主谋的身份。他们还要搜寻被关在隐秘位置受着折磨的Mack。回到基地,Kim被CIA监视着,Jonas委任她一个很重要的任务......( 美剧)。在未来世界,一切犯罪的侦破均有智能系统计算得出,传统的刑侦手段再无用武之地,但这一次的案件却将一名刑警定为了罪犯,是真的确有其事,还是智能系统的漏洞? 当科技完全支配人类的思考,那么我们还能被称作“人类”吗?。