解放战争时期,东北某城的国民党守军处于我军包围之中。为争取蒋军非嫡系部队三六九师起义,我东北民主联军将被俘的敌三六九师师长赵崇武的亲信团长郑汉臣释放。回城之后,郑汉臣即受到蒋嫡系部队二零三师的怀疑和监视,连赵崇武也受到了牵制,再加上郑太太受到二零三师某连长侮辱的消息,他们之间的矛盾急剧加深。为了瓦解敌军,我军先以书信劝服,姜部长又以给郑送孩子为由,前去劝赵弃暗投明,但赵迟疑不定。二零三师参谋长钱孝正发现了姜部长与郑汉臣的关系,企图逮捕姜、郑二人。不久,国民党胡高参来到孤城,提升了赵崇武,并命令三六九师担任突围主攻任务。赵崇武在突围中负伤。我军步步逼近城内,赵苦恼万分,无意中发现蒋介石命令胡高参突围后铲除他的密电。赵的幻想破灭,率部起义,迫使二零三师投降。我解放大军进入城内,孤城宣告解放。。高槻湊是个有洁癖的朴素女大学生,因为厌恶没有血缘关系的弟弟高槻透对女生来者不拒的态度,所以一直与他保持着距离。一次巧合下,透偶遇了穿着JK制服、画着辣妹妆的湊,居然对她一见钟情......。神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽,在与碇元度约定之时,来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。
在危急时刻,葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作,还要保护碇真嗣与明日香,以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。
出于对碇元度的憎恨,赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案,她能否成功?长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯,为了防止人类“最终的悲剧”,而酝酿了的“人类补完计划”能否实现?尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。。