地球上的人类的安危被来自冥王星的巨大陨石Tanatos(希腊神话)所威胁着。为了对抗Tanatos,人类以国际太阳系开发机构“ISDA”为发足点,秘密进行着一向不为人知的开发计划“D计划”,计划内容为利用在小笠原近海发现的迷之生命体“龙”进行生态兵器的开发,然后利用“龙”去直接破坏Tanatos,正在这个计划正在推进的同时,因事故在2年前失去家人的孤独少年与搭救他的迷之少女命运般的相遇了……有关谜之生命体“龙”是拥有高智能以及超级攻击力的究极生命体。在小笠原冲深海发现的卵状态的“龙”被送往“ISDA”秘密的进行着培育..。前所未有的劲敌夏特高能袭来,轻松击败索尼克和他的伙伴纳克鲁斯,索尼克只好去找昔日老对手蛋头博士共同联手对抗夏特,而退休的蛋头博士已日渐发福,他们能否联手抗敌?。