1948年冬,顾祝同(申良 饰)亲临淮海国军前线,向第三绥靖区贺坚(王尚信 饰)、严军(项堃 饰)授中正剑,暗中派参谋长沈继庆(姜长华 饰)和巩英伟(王守全 饰)监视贺、严二人,防止他们暗中通共。谷一平(宫建华 饰)是党派来的接头代表,他的到来引起沈的怀疑,因参加学运而 被当局通辑的贺兰(王晓薇 饰)此时也回到父亲贺军身边,更令沈疑心大增。保健医生杨萃(尤丽华 饰)曾是谷一平年轻时的恋人,志向的不同致两人分道扬镳,此次相见杨莫囗难辩。贺坚力排干扰,暗中与严军商定起义计划,并严密保护谷一平。起义前夕,贺兰遭沈继庆杀害,沈密授杨萃必要时对贺坚下毒手,关健时刻,早已是中共地下党员的严军击毙了前来游说的沈继庆,率部起义......。经历千辛万苦,郭靖(郭追 饰)和黄蓉(黄淑仪 饰)终于回到桃花岛,然岛上已是一片肃杀景象。二人发现,黄蓉母亲的墓穴被人打开,江南七怪染血其中,死状凄惨。根据现场留下的线索以及大师傅飞天蝙蝠柯镇恶的证言,郭靖认准是黄老邪杀死了几位师傅,遂不顾黄蓉劝阻,与全不知情的黄老邪刀剑相向。另一方面,西毒欧阳锋和杨康亦在岛上出现,聪慧的黄蓉在铁枪庙戳穿二人的阴谋,并揭发杨康毒害欧阳锋之侄的真相。杨康恼羞成怒,攻击黄蓉时不慎中毒身亡。穆念慈万念俱灰,将尚在襁褓的幼子托付给黄蓉后亦随杨康而去。
十多年后,杨康之子杨过(傅声 饰)已长大成人。黄蓉恐其步杨康后尘,拒不授其武功。负气出走的杨过偶然在铁枪庙遇见因练九阴真经走火入魔的欧阳锋,于是随西毒学会了蛤蟆神功,更无意中知晓了自己的身世……。1897年,大韩帝国时代动荡混沌,时有不同罪案发生,别巡检调查队四出调查,找寻破案的线索。 别巡检第2季的时代背景为1897年大韩帝国的国号宣布之后,比第1季还要迟些。高宗自俄罗斯回国后自称为皇帝,由此朝鲜便变为帝国,以阐明国家的自主性和独立性。并且施行了财政、教育、军事等几乎全方位的光武改革,令朝鲜向现代化迈进了一大步。因此这个时期应该是比第1季更为激动人心的时期,然而大韩帝国所追求的新价值,让国民看到的却是比任何时候都强大的同一与自主的混乱。。