白莲花大酒店迎来了一对新婚夫妇夏恩和瑞秋。他们发现入住的房间并非预定的蜜月房,夏恩向酒店经理阿蒙德质询,瑞秋对此似乎不太在意,这让夫妻俩产生了摩擦。带着母亲骨灰入住的谭雅希望能找到把骨灰撒向大海的地点,她在这认识了葛瑞格。怀疑患有睾丸癌而忧心忡忡的马克和妻子妮可,以及性格孤僻的儿子昆恩也住了进来。在这里,客人们一边享受酒店服务,一边面对意外不断的生活和隐藏许久的真相,以摆正人生的目标。假期结束,夏恩与瑞秋重新思考真爱的意义,谭雅决定与葛瑞格珍惜当下。马克发现自己并没有罹患癌症总算松了口气,昆恩想要留在岛上成为赛艇运动员,妮可和马克不同意,强行带他离开。而阿蒙德通过自己的岗位谋求私利,对客人进行报复,最终陷入万劫不复的深渊。。突袭世界的大灾难“第二次冲击”后,世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他,却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下,特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下,并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的,却是是父亲冷酷地命令:驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。
本已表示拒绝的真嗣,看到重伤的替补驾驶员绫波丽后,决定遵从父亲的命令。就这样,从未受过作战训练的真嗣,准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
世界的命运托付在了一位年仅14岁的少年身上,而“第二次冲击”所隐藏的“人类补完计划”似乎也开始了行动。掌握一切答案的碇元渡,却只是不动生色地观察,仿佛一切早已写入剧本。。