故事发生在光绪二十四年间,皇帝被囚,朝廷上下一片混乱。孟小山(张卫健 饰)是一个名不见经传的刽子手,一次偶然中,他结识了名叫柳青青(江淑娜 饰)的女子。大太监李莲英(沈孟生 饰)心怀鬼胎,不巧被孟小山和柳青青撞破,心虚的他遂收两人为心腹,并将他们强装打扮成太监,送入宫内。
在那里,孟小山遇见了活泼开朗桀骜不驯的多罗格格(张庭 饰),两人不打不相识,随着时间的推移,多罗格格渐渐被孟小山的率真所吸引,芳心暗许。那边厢,柳青青暗恋曾经的救命恩人唐啸天(翁家明 饰)已久,得知唐啸天准备却解救身陷囹圄的皇帝,便拉上了孟小山上了“贼船”。。这是一部以战争为题材的纪录电影,但却使用了全新的蒙太奇手法以达到在纪录真实后的心灵震撼。在影片中,一会是冲天的原子弹,一会是变色的散发出奇异目光的多利羊,以及飘忽来去的世界地图,股票市场,数字,和人的游行……然后接着来了警察,以及挥舞的棍棒,长长的有刀的枪,还有飞过的子弹的呼啸流动着噪音的和没有声音的阅兵,徐徐而进的汽车,布什,轮盘赌,云霄飞车,快餐,速度,网络……最后留下的是死亡,爆炸。。清朝末年,戊戌变法失败、支持变革的大学士李永春,在临死之际、为保女儿性命,将自己的女儿冰云远嫁到朝廷权利无法涉及的阴阳关、做了关长之弟三爷徐光泰的夫人,就此,在与世隔绝的阴阳关内,一幕幕神秘、凄美、壮烈的人生戏剧拉开了序幕……
冰云初到阴阳关,他所嫁的丈夫,曾经是抗清英雄的三爷为了得到他渴望的爱情和权利,卧薪尝胆六年后,利用冰云的美貌和天真,利用大奶奶对他不弃不舍的爱情,谋杀了他的亲哥哥关长徐光乾,掌握了统治阴阳关的实权,开始展现他更大的野心……
失去父母的冰云在没有爱情,没有自由,没有女人尊严的阴阳关中,爆发出了强烈的反抗精神,她不顾一切地和来阴阳关创办学校的留洋博士周文相爱,结果导致了周文被封建势力无情屠杀……
周文死后、心如死灰的冰云居住在水中央,终日与仙鹤为伴,就在她远离人类,认为自己的心已经跟随周文死去多年时,一个满怀新思想的革命青年方郁林跟随主张变革的少关长明清来到了阴阳关,方郁林舍生忘我,拯救劳苦大众的广阔胸怀、唤醒了冰云,在共同抗击封建独裁势力、拯救劳苦大众的行动中,她在获得爱情的同时,也获得了以推翻封建独裁统治,解救劳苦大众为己任的人生目标,并为此而献出了生命……
阴阳关的少关长徐明清,在冰云初来阴阳关时,善良的他深爱自己的侍女水兰,受冰云影响、力图抗拒父母安排的婚姻,结果自然是以悲剧而结束,当三爷谋杀了他的父亲,他了解到真相不顾一切要为父亲报仇时,母亲不得以把残酷的事实告诉了他,三爷才是他的亲生父亲,明清无奈地选择了逃避、离开阴阳关,远去海外……
多年后,当明清满怀着变革的新思想从国外归来,计划和他的妻子杨星仪,朋友方郁林,三奶奶冰云一起对阴阳关实行变革时,他没有料到、在三爷精心策划的腐蚀陷阱中,他很快便从一个变革者,变成一个对权利的追逐者,他背叛了妻子、朋友,背叛了自己的理想,无情地杀死了三爷,取代三爷成了阴阳关新的封建独裁者,他的罪恶行径最终导致了他的毁灭,在冰云,方郁林的策划下,忍辱负重的阴阳关人民,终于从麻木中觉醒,爆发了一场轰轰烈烈的农民暴动,彻底摧毁了关长的独裁统治,死到临头时,明清终于恢复了善良本性,他认识到自己不可饶恕的过错,用自行结束生命的方式,宣告封建独裁时代的终结,自由平等的新时代随之而来临。。