在第二次新吉恩战争、别名“夏亚的叛乱”终结后,地球圈取得了短暂的和平。 这之后3年,宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。内容为--被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。 另一方面,在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女(实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女,美耐巴·扎比)奥黛丽为了制止新的战争爆发,必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后,逐渐被她所吸引。 随后,地球联邦察觉了这起交易,并进行军事介入,工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽,而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉,并且将箱之钥匙--“机动战士高达独角兽”托付给他...。落寞的阿忍独自徘徊在友引町的街上,她的周围净是阿当、面堂、佛灭高中老大这类不值得依靠的男人,这令阿忍对未来倍感绝望。偶然间,她在路上遇见一个穿着兔子服的英俊金发男子——来自命运管理局的因幡。因幡离开时遗失了通往命运之屋的钥匙,对未来同样感到担忧的阿当和拉姆遂与阿忍结伴前往了亚空间。 然而窥视未来的结果令他们失望:拉姆没能如愿嫁给阿当,阿当的后宫梦想落空,阿忍也没能找到体贴的男人。因幡不愿他们失望,于是带着三人来到命运工厂,帮他们亲手制造自己的未来……。