在一个神秘的军事基地,以丹尼尔为首的一群高智商的研究人员正在进行一项卫星发射前的测试工作。宇宙中的一颗螺丝钉脱落导致卫星运行故障,然而出于某种目的,塞维尔博士要求终止警告,强制进行发射。不料中途受阻,丹尼尔去调试的时候,被暗物质侵蚀,昏睡不醒。第二天丹尼尔醒来,卫星看似正常运行的同时,却发现气候开始异常。空中战斗机的忽然失踪引发了将军的重视。丹尼尔体内的暗物质让他拥有了一些神秘力量,而这一切都被塞维尔博士暗中观察。原来塞维尔私下里隐藏着操纵暗物质的野心,他绑架了丹尼尔的妻子艾莉作为人质,来威胁丹尼尔听命于自己。关键时刻丹尼尔借助暗物质摧毁了塞维尔的阴谋,一切终于恢复了宁静与祥和。。第3季剧情也将加入人工智慧(AI)等新时代的背景,整体故事再升级。。BBC宣布续订《神秘博士》第十一季,不过重点在于,《神探夏洛克》编剧Steven Moffat将在第十季结束后退出该剧,将帅印交给《小镇疑云》编剧Chris Chibnall,新一任博士则由《小镇疑云》中饰演死者母亲的Jodie Whittaker担任,她将是Doctor Who历史上的第十三任博士,也是首位女博士。。