草薙素子之后,巴特与侦探出身的陀古萨结为搭档。近期发生多起机器人偶杀害主人继而自杀的事件,由于受害者家属均无公诉,且死者中有政客与公安官员,于是公安9课派出巴特小组调查此案。杀人人偶皆为荒凉地带公司出品的哈德莉机型,应部分顾客要求,该机型同时具备异性玩伴的功能,巴特从荒凉地带公司出货官遇害入手,卷入与黑帮的战斗,期间有人入侵他的大脑,使其自残。
巴特决定直奔荒凉地带总部,他与陀古萨拜访了择捉岛上的黑客基姆,后者布下系统陷阱,幸有素子提出警告避免陀古萨陷入控制。依靠基姆这条线索,巴特登上了荒凉地带公司设立在海上的工厂船,素子再次降临他的身边,与其并肩作战。。高中生织田晶与班上同学一起被召唤到了异世界。在召唤的影响下,他们每个人都被赋予了开挂级的能力,而他或许是因为天生就没有存在感,获得了平平无奇的“暗杀者”能力。然而,他这个本应平平无奇的“暗杀者”,面板数值竟然轻松凌驾了“勇者”这个最强职业!?其后,晶对作为召唤主使者的国王产生怀疑,一边隐藏自己一边试图揭露其阴谋,却反过来被扣上冤罪,遭到追杀。晶发誓要向国王复仇,逃入了人迹未至的迷宫深层,并在那里邂逅了精灵族少女艾蜜莉亚……这是一个,获得了“暗杀者”能力的少年与精灵族少女相遇,并成长为真正暗杀者的故事。。