2000年,一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时,“光之巨人”自毁,从而发生了“第二次冲击”,进而导致世界大战。最后,人类人口减半,地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查,联合国在日本箱根成立人工进化研究所(即GEHIRN)从事EVA(指机器人)的发展研究,后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面,联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化,开始实行人类补完计划,就是将所有人的灵魂汇集在一起,通过中和每个人的AT力场,使每个人回归LCL之海。
2004年,EVA初号机进行启动试验时发生事故,碇真嗣的母亲碇唯消失,碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年,GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始,根据SEELE人类补完计划剧本的安排,一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆,并向NERV总部进攻,NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时,碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移,碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现,NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中,NERV于SEELE的矛盾激 化,SEELE派出军队进攻NERV,在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海,只有碇真嗣和明日香留了下来。。燥热枯燥的长途旅行,怪物卡车司机“锈钉”(肯·科齐格 Ken Kirzinger 饰)的血腥旅程仍未结束,17号公路上布满残肢断体,娱乐着他的邪恶趣味。某个平凡的路边小餐馆,奥斯汀(Gianpaolo Venuta 饰)、米克(Ben Hollingsworth 饰)、爱丽莎(Leela Savasta 饰)、鲍比(Jake Manley 饰)和茱尔(Kirsten Prout 饰)等五个准备参加公路汽车拉力赛的青年男女正在讨论行车路线,他们向邻桌打听17号公路存在与否,却得知了“屠杀小巷”的传言和警告。 无所畏惧的年轻人当然不信这个邪,他们快意上路,并遭遇“锈钉”的卡车。年轻人仗着汽车性能的优势,恣意戏耍“锈钉”,但却惹到了一个绝不能随便招惹的恶魔……。