泽田拓人的父亲是中等规模医院的院长,拓人被父母期待成为医生,但这份期待渐渐转向他的弟弟。
大学四年级的拓人在找工作苦战之中发现自己患上“肌萎缩性脊髓侧索硬化症(ALS)”,俗称渐冻人症,患上此病的人中枢神经系统内控制骨骼肌的运动神经元会慢慢退化,停止传送讯息到肌肉,在不能运作的情况下,肌肉逐渐衰弱萎缩,到最后完全瘫痪,但大脑仍然健康保存记忆人格和智力。
在知道自己生命余下时间不多的拓人,为了摸索残生应走的方向而努力奋斗。。「思い出して、翅(はね)があったころのことを」 1万2千年前の想いに応え、繋がったのは欠けたこころ。 太陽と月と火星が出会うとき、新たな合体の調べが流れる──! 湘南の海に浮かぶ小島、江の島。 美しくのどかなその浜辺に、〈私立江ノ島学園〉はある。 学園には、全国から優秀な子どもが集められ、 最新の機器を使った英才教育が施されていた。 特殊強化クラスの生徒〈エレメント〉に選ばれたサッコ、リミヤ、トシは、 感情の力で動く戦闘機〈ベクターマシン〉の操縦を命じられ、 謎の侵略兵器〈神話獣〉との戦いを余儀なくされる。 戦いのさなか、不可思議なヴィジョンに導かれ、サッコは叫ぶ──。 「想星合体! GO、アクエリオン!」 繰り返される輪廻の果てに、現れた機械天翅アクエリオン。 宿命を背負った少年少女は、 得体のしれない団体〈宇宙たまごの会〉や大人たちの思惑が交錯す...。