一天,宇宙开发中心的上空发现了来历不明的太空母舰,一名神秘女子出现,随后城市受到了外星机器人的袭击。高斯奥特曼及时出现打败了外星机器人,结果又出现了2台外星机器人,高斯陷入危机。武藏看到高斯陷入危险,主动与高斯合体,利用技能让2台外星机器人停止行动。就在此时杰斯提斯奥特曼忽然出现,他不但启动了两2台外星机器人,并且还和2台外星机器人联手杀死了高斯。
这名神秘女子来到地球不是为了维持宇宙的秩序,而是要把地球上所有生物全部消灭!为了自救,世界各国想尽所有办法去解决眼前的危机。地球即将毁于一旦,大家没有一点办法,除非奇迹出现。然而,武藏的亲人和队友任坚信高斯和武藏还未死去,他们四处奔走寻找,希望奇迹真的能够出现!。抗战期间,中共特工茅远征救下了孤儿常平安,自己却被军统特务曹若飞所杀。抗战胜利后,已经与王小玉结婚、但仍然一心复仇的常平安进入了军统保定站,并发现当初杀死与他情同父子的茅远征的人,正是自己曾经暗恋的傅云的丈夫、军统特务曹若飞。常平安为了报仇,没日没夜地跟踪曹若飞。与此同时,不谙世事的傅云被曹若飞所骗,说出常平安当年的一些经历。常平安虽然过了这道难关,但他的危机一直此起彼伏。最后,已经加入中国共产党的常平安被迫暴露了自己的身份,他背水一战,公开刺杀曹若飞,却失败了。曹若飞正式拘捕了常平安,并以王小玉为人质,逼迫他供出自己的同伴。在指认现场,曹若飞却被当场击毙——这一切,其实都是常平安之计。。