随着科技的发展,人类发明了能侦察人的脑电波的“聪明”的机器人――“先知”。“先知”能侦察出人的犯罪企图,所以在罪犯犯罪之前,就已经被犯罪预防组织的警察逮捕并获刑。
乔恩就是犯罪预防组织的一个主管。在一次通过“先知”成功阻止了一起因外遇引起的双人命案之后,乔恩隐约感到了这一套完美的预防犯罪系统中隐含的秘密,那就是少数派报告。原来,共有三个“先知”一起判定一个人是否有杀人企图。当出现分歧时,按少数服从多数原则定案,但最后若证明少数那一方是正确的话,则会秘密保存一份少数派报告。
乔恩一觉醒来,突然发现自己已是昔日同事的抓捕对象。乔恩唯一的出路就是找到能证明自己清白的那份少数派报告……。高中生夏目贵志从小就拥有能够看到妖怪的能力。有一天,贵志遭到妖怪袭击,妖怪要求他返还自己的名字。在逃跑的途中,他打破了神社中妖怪斑的封印。之后,贵志在外婆玲子仅有的几件遗物中发现了一本友人帐。
玲子和贵志一样可以看到妖怪,并且被周围的人孤立。玲子与遇见的妖怪交手并打败它们,让它们将名字写在纸上制成友人帐。最终,妖怪之间流传起这样的谣言——“友人帐可以使众多妖怪服从命令,号令百妖”。斑试图从夏目手中夺走友人帐,但夏目向斑许下“如果我死了,我会把友人帐交给你”的承诺,作为回报,斑化身猫咪老师,成为了夏目的保镖。就这样,夏目和斑接触到了一群怀着不同目的来接近自己的妖怪,也结识了一群认可他的性格,但观念各异的友人。通过各种事件,他多次与妖怪相遇、分离,了解它们的处境和感受。。