1939年4月,侵华日军在南京设立了一个秘密的细菌生化武器的作战基地——荣字1644部队。它是继臭名昭著的713部队以后建立的规模更大、更为隐蔽的细菌武器基地。荣字1644部队主要是研究、培养、制造致命的细菌:霍乱(即虎烈拉)、伤寒、鼠疫等用于实战。在它存在的六年间,因试验细菌武器而杀害的人数最少为1200人,其中包含着进行惨无人道的“活体解剖”而惨死在手术台上的人。他们中间大多数是中国人,也有少数其他国籍的外国人。
1998年8月,在1644部队的生产工厂遗址挖出了几十具被支解的尸骨,至今仍可检测出含有霍乱弧菌肠毒素基因,他们就是当年被活体解剖的所谓“原木”的遗骨。
从1940年到1942年1644部队就曾数次参与了对我浙江、湖南、江西等省的细菌战攻击,造成了大规模的疫情流行和成千上万的中国民众死亡。
日本军国主义者进行惨无人道的细菌战,罪恶滔天、神人共愤。面对这段惨痛的历史,中国人民和一切正义的人们当然是刻骨铭心、永志不忘的。。在第二次新吉恩战争、别名“夏亚的叛乱”终结后,地球圈取得了短暂的和平。 这之后3年,宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。内容为--被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。 另一方面,在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女(实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女,美耐巴·扎比)奥黛丽为了制止新的战争爆发,必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后,逐渐被她所吸引。 随后,地球联邦察觉了这起交易,并进行军事介入,工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽,而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉,并且将箱之钥匙--“机动战士高达独角兽”托付给他...。