故事发生在2029年,此时X战警早已解散。作为少数幸存的变种人之一,金刚狼罗根与卡利班共同照料着年迈的X教授(查尔斯·泽维尔)。由于衰老,X教授失去了对自己超能力的控制,如果不用药物抑制,他的力量会失控,造成全球性的灾难。同时,随着时间推移,金刚狼的自愈能力也在减弱,体能和力量远不如从前。
一天,一位陌生女子找到了金刚狼,请求他护送一名叫劳拉的女孩前往加拿大边境的“伊甸园”。罗根后来发现,劳拉是通过植入自己的基因培养出来的人造变种人。而在所谓的“伊甸园”,有一群与劳拉有着相似遭遇的孩子。邪恶的唐纳德紧追不舍,他的目标就是彻底消灭这些人造变种人。。在参拜母亲坟墓的回程途中,真嗣(绪方惠美 配音)和葛城美里(三石琴乃 配音)遭遇了第七使徒的攻击,关键时刻2号机势如破竹挫败对手,真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾(宫村优子 配音)。与沉默寡言的绫波丽(林原惠美 配音)不同,明日香自信张扬,甚至有些自大,在和真嗣相处的日子里,彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机,抵抗了第八使徒猛烈的攻击,在这一过程中,淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后,第九、十使徒相继降临,真嗣他们面临着生与死的残酷考验……。Unlock the secrets of the Dragon Eye and come face to face with more dragons than anyone has ever imagined as Hiccup, Toothless and the Dragon Riders soar to the edge of adventure.。