魔法——這不是傳說或童話的產物,而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天,持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」,某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活,但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的,另一個「魔法科高中」在此上演。。1858年,在博洛尼亚的犹太区,教皇的士兵闯入了莫塔拉家,按照枢机主教的命令,他们要抢走莫塔拉家的七岁儿子埃德加罗。这个孩子在婴儿时期被保姆秘密洗礼,教皇法律是不容置疑的:他必须接受天主教教育。莫塔拉的父母心痛万分,他们将不惜一切代价取回自己的儿子。在国际犹太社区和舆论的支持下,莫塔拉家的斗争很快就带上了政治色彩。但是,教会和教皇不会同意归还这个孩子,因为这有助于巩固越来越动摇的权力……。