1929年,天津,警察厅厅长儿子廖盛辉被一神秘人牵扯进一个精心布好的迷局,指引他一步步去探寻14年前圣南孤儿院大火所掩藏的秘密,一批来历不明的敦煌文物,一件震惊全市的连环毒杀案,共产党、国民党、日本人、北洋军阀等多方势力都介入这场迷局展开角斗。廖盛辉的解谜之路困难重重,他面对的是强有力的对手——心思缜密的国民党特工曾家扬、身手不凡的日本忍者郁子。随着谜题逐步解开,日本人和国民党的罪恶目的暴露无遗,可真相却让廖盛辉难以承受:他和曾家扬、郁子都是当年孤儿院的伙伴。最终分属不同阵营的三人携手共同抗敌,却无奈遭到失败。1937年抗战全面爆发,已经成长为坚定的共产主义战士的三人再度重逢,他们携手走上了抗日救亡的新战场 。。日本警视厅特殊部队(SIT)小队长濑文焚流(加濑亮 饰),在一次执行任务时遭遇队友的离奇死亡,面对高层他百口莫辩,最终被调职到公安部公安第五课——不明事件调查科。该部门专门调查一些匪夷所思的超自然案件,当然在所谓“科学昌明”的现代化社会,这也意味着第五课是一个很难得到认可的边缘部门。除濑文外,第五课只有油滑的上司野野村光太郎和智商高达201的怪女孩当麻纱绫(户田惠梨香 饰)。在此期间,预言师、神之手等各种各样拥有超能力(SPEC)的人物接连登场。
濑文在和当麻办案的过程中,渐渐趋近了一个鲜为人知且充满阴谋和秘密的未知世界……。