自从邪教魔女练霓裳与武当首徒卓一航分道扬镳之后,从此销声匿迹。但数年之后魔女却已走火入魔,建立魔宫,并练得天下无敌奇功,四处杀戮正派人士。卓却独自呆守于雪峰顶,待奇花盛开之日再觅爱人芳踪,让昔日爱人重生黑发。
适逢武当后人封俊杰迎娶点苍派玉女虞琴之夜,魔女再现,杀宾客掳新娘,杰为救虞琴不幸身负重伤。武当派除杰与小师弟绿痕之外,亦无人幸免。
杰与绿痕遂联合各派小侠,准备向魔女的魔宫进攻,营救爱妻,誓杀魔女。。在本作舞台的2030年代世界中,被称为“西欧财阀”的巨大组织利用财力、武力进行世界规模的彻底性资源管理,所以技术以及人类的进步正停滞不前。因此表面上技术从2000年代起就没有改变。 此作的世界观与TYPE-MOON多作共通的世界观基本设定一致,但却是从TYPE-MOON多作共通世界观的1970年代派生出来的平行世界,而并不单纯是月姬和Fate等作品的未来。 在这个世界中大源的魔力(Mana)已经枯竭了。因此TYPE-MOON多作共通的世界观中的“魔术(Magi)”和“魔术师(Magus)”几乎都衰落了,魔术协会也只余下本来就不太依赖魔力的“阿特拉斯院”。。