李时珍(林文龙 饰)自由沉迷于草药研究之中,他同名为吴慕榕(李诗韵 饰)的女子先前已有婚约,却无法自持的爱上了善良美丽的阿冬(叶璇 饰)。李时珍决定将这份感情埋藏在心底,待科举考试之后向阿冬表白心意,哪知道在阴差阳错之中,他不仅没能够表白,还娶了吴慕榕为妻。
李时珍发现当今世上的医书错误连连漏洞百出,于是起了编撰《本草纲目》的念头。然而,他却因为个性过于耿直而得罪了权贵,使得他不得不暂时中断了医书的编撰,还性命不保踏上了逃亡的旅途。所幸有太医院的庞宪(马国明 饰)一路帮助扶持,李时珍终于完成了旷世奇作《本草纲目》。。房成是清源堂名医谷风所雇佣的管家,谷风的儿子在一场意外之中溺水身亡,谷老太将过错怪罪到了房成的身上,令后者大为不满。为了报复谷家,房成将自己和姘头何秀所生的女儿蔷薇同房家的千金小姐忍冬掉包了。就这样,私生女蔷薇成为了谷家的掌上明珠,过上了衣食无忧的生活,而忍冬则由何秀抚养,生长在赤贫的环境之中。 一晃眼多年过去,忍冬和蔷薇都出落成为了亭亭玉立的少女。在机缘巧合之下,忍冬以学徒的身份重新回到了清源堂,在那里,她邂逅了名为韩冲的男子。蔷薇一直爱慕着正定,但正定渐渐被忍冬的聪慧和勇敢所吸引,令蔷薇对忍冬十分憎恶。。