自幼生长在孤儿院灵恩堂的27岁女子林依(叶佩雯 饰)是一名幼儿园教师,她与心爱的男友欧阳俊杰(吴嘉龙 饰)相恋五年,但是却因俊杰前女友的介入使她们的感情最终破裂,林依还被赶出男友住处。万般无奈之下,她回到灵恩堂,而此时物是人非,抚养她长大的修女周姑娘刚刚去世。15岁时,一场灾难令林依忘掉儿时的事情。如今她接到周姑娘弥留之际留给她的旧居的钥匙,再一次回到曾经与父母一同居住过的凤德村公寓。对林依来说,凤德村公寓既熟悉又陌生,房间内的点点滴滴似乎正慢慢唤醒她沉睡已久的记忆。
最初的日子平淡无奇,林依也仿佛开始新的生活。但是恐怖的事情相继发生,12年前的黑暗记忆渐渐浮出水面……。以一个个经典案例为载体,从法医的视角讲述案件侦破的过程,将刑事科学技术与刑侦紧密结合。例如死亡时间的概念,《法医密档》中就会对死亡时间做详细的介绍。法医是通过什么方式,能够精准的推算出死者的死亡时间,进而为刑侦人员提供可靠的破案依据。除了“死亡时间”之外,还有如何确定“死者身份”、如何通过一滴干枯的血迹寻找凶手等等。节目在破解案件的同时,也在传递法医“为死者代言,为生者谋权”的职业精神。。