洛杉矶,日本诸商社正与美国方面谈判,以求引进最新的电子技术,日方为获得成功,监控系统和读唇术无所不用……当夜,在这座日本商社大楼中发生了一起命案,一名白种女子死在会议室中。警探韦伯(韦斯利•斯奈普斯 Wesley Snipes 饰)受命调查此案,上峰派处于停职状态的约翰•康诺(肖恩•康纳利 Sean Connery 饰)协助韦伯,只因康诺曾经多年在日本工作,了解和日本人打交道的方式。韦伯和康诺调查了死者的家和日本方面送来的事发现场录像,初步锁定嫌疑人是死者的日籍情人艾迪(凯里-川田博之饰),艾迪的父亲曾对康诺有救命之恩,在警探汤姆(哈威•凯特尔 Harvey Keitel 饰)和韦伯着力追踪艾迪并导致其车祸时,康诺通过还原现场录像发现了此案的幕后隐情……。突袭世界的大灾难“第二次冲击”后,世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他,却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下,特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下,并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的,却是是父亲冷酷地命令:驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。
本已表示拒绝的真嗣,看到重伤的替补驾驶员绫波丽后,决定遵从父亲的命令。就这样,从未受过作战训练的真嗣,准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
世界的命运托付在了一位年仅14岁的少年身上,而“第二次冲击”所隐藏的“人类补完计划”似乎也开始了行动。掌握一切答案的碇元渡,却只是不动生色地观察,仿佛一切早已写入剧本。。