1947年,福建闽江轮船公司“福州号 ”司机、共产党员林森官,以帮助船长装运私货作掩护,开辟了为游击队运送武器的地下航线。一次,森官奉命运送一批武器,特务李伯光到处搜索。深夜,藏在船顶货物堆里的枪支终被李伯光发现。这时早在暗中注视的森官,趁其不备,将他打落江心。老舵工阿旺忽见有人落水,大声惊呼,但当他看到森官正从船顶徐步下来,便不再作声。敌人将阿旺扣押,进行拷打、盘查,又利用阿旺信奉天主教,指使神父逼他供出真情。森官闻讯,正要赶往教堂打听消息,中途却被一伙特务带入一家酒楼。李伯光突然在他面前出现,原来李伯光落水未死,更加深了对森官的怀疑,正在等待阿旺的口供将森官治罪。阿旺坚不吐露真情,敌人的诡计终未得逞。
森官又接受了运送一批武器的任务。特务头子王勋亲率敌兵分乘两轮尾随督航。当“福州号”驶近罗汉滩时,游击队化装的保安队迫令停航,将武器卸运上岸。敌轮发现有异,向游击队猛烈射击。此时,被迫在一艘敌轮司舵的阿旺当机立断,开足马力,向另一艘敌轮猛冲过去。一声巨响,两船俱焚。阿旺壮烈牺牲,保住了地下航线。。四十年前,李美松(王洪光 饰)当上了家乡的护林员。美丽的村姑爱上了看上去又憨又傻的护林员李美松,精明霸气的青年张雄(刘景范 饰)感到愤愤不平。李美松几十年如一日,拿着微薄的工资,守护着这片山林,跟张雄等想毁林发财的人做着各种斗争。进入老年的李美松和张雄仍然明争暗斗,恶势力看似在表面上占了上风,但最终张雄的淫威仍屈服在李美松的凌然正气前面。而李美松的宽容与大度,也彻底化解了张雄数十年的积怨,使他再出狱后成为了一名企业家,并且分享着森林给予的恩惠。
《疙瘩爷爷》由发生在重庆巫山地区的真实故事改编而成,其中李美松的原型叫李美成,2007年被评为“感动重庆十大人物”。从1966年开始,李美成开始守护当地的500亩山林,10000余株古树,从24岁一直守到60多岁,默默无闻,40年的总收入只有3100元。在他的守护下,山林被完好保存下来。这个小人物的故事经媒体报道后,立即引起广泛关注,多个部门给予李美成奖励。《疙瘩爷爷》由李美成的故事改编而成,借以向这位坚守承诺四十余年的小人物致敬。而本片也是资深制片人、导演齐为民在《考试》、《夏天有风吹过》、《道歉》以及《派饭》等教育题材影片之后,首次转型,尝试小人物题材。
影片大部分以主人公李美松的对立面,存心想砍树发财的村民张雄的视角来进行叙述的。在张雄的眼中,李美松是一个又傻又倔,还不懂得人情世故的笨蛋。但就是这样的人,却让他彻底屈服了。用张雄的话说,“我把他打成残废,他把我送进监狱,我却不得不佩服他。”坏人、恶人在正义和真理的力量面前低头,这也把主人公的人格力量更充分地展示了出来。《疙瘩爷爷》的故事发生地在长江三峡边上的巫山,全片通篇笼罩在苍翠欲滴的青山、峡谷、碧水、丛林之间,水的秀美和山的刚毅,林木的挺拔和人性的敦厚,也传达着人与自然和谐相处之美。。