故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天,因意外一名外星人从宇宙坠落。失去过往记忆的外星人“奥美迦”化身为地球人模样,被人称为“宙人”。他对人类充满好奇,积极地接触这些陌生的生命体。
当神秘巨型生物接连出现时,尘封的记忆碎片被唤醒,宙人脱口而出“怪兽”二字。面对怪兽的威胁,强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼,与怪兽作战。
随着故事推进,来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。。在并不遥远的未来,地球上男性数量急剧减少,最终导致人类濒于灭亡。被称为凤凰战士的女子(Kathleen Kinmont 饰)就在这破败不堪、遍地瓦砾的星球上努力生存。某天,凤凰战士遇见一名怀孕的女子,并得知她肚子里正孕育着一个男婴。为了延续全人类的命脉,凤凰战士带着孕妇寻找可以安身立命之所。 数年后,一个具有超能力的邪恶巫婆统治了世界,她抓住凤凰战士和那名男孩。眼看人类文明毁于一旦,凤凰战士与伙伴们奋起反击……。儿童临床医学家凯瑟琳•迪恩供职于一家研究大脑的医疗研究机构,她的任务是通过高技术手段陷入幼年患者的梦境中,治愈她们幼小心灵中的疮疤。
警方接到报案,说当地有很多幼女失踪。负责此案的FBI探员断定,此举为一个连环作案的变态凶手所为。经过调查,警方锁定了犯罪嫌疑人——卡尔•斯塔格,但是苦于他守口如瓶,无法救出被他囚禁的女孩。这时,警方联系了凯瑟琳,希望她可以通过梦境的方法,潜入犯人的大脑,找到受害者的所在位置。然而,事情远比想象得更加险象环生……。