没考上大学,又被女友甩了的平太因帮助倒在地上的一女贼被连累关入监狱。在牢里认识一个自称是乞丐的神秘年轻人,出狱后两人成为朋友。乞丐告诉平太如何靠乞讨为生。一天夜里,两人来到妓院,遇到一个备受凌辱的少女,平太不忍少女继续过这种悲残的生活,和乞丐决定带少女逃出妓院,把她送回故乡。三人一路四处躲藏,历尽艰难,跋涉到海边,以为终于摆脱了追踪,却不料妓院老板带领打手早已埋伏在岸边悬崖下。平太和乞丐与对方展开了殊死搏斗,此时,躲在一边的少女不顾危险拼死上前劝解。少女哀婉的哭诉声打动了妓院老板,终于放了他们。平太和乞丐护送少女平安的回到了故乡,与母亲团聚。平太二人已过惯了飘泊的生活,谢绝了少女的苦苦捥留,又携手上路,开始了新的冒险漂流生涯。。第二集中,尼奥(基努·里维斯 Keanu Reeves 饰)没有能从内部摧毁“母体”,他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷,思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带,这个地方由“火车人”控制。墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰)等人知道了尼奥的情况,在守护天使的带领下, 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇,经过一番激斗,将尼奥救了出来。
此时,电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击,人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗,形势危在旦夕;尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难,到达机器城市,尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”,双方谈判并达成了协议:尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯,以换取锡安的和平。
在“母体”中,尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。。