传说天地间有5块上古灵石,得其一便可拥有毁天灭地的力量。火灵石乃是5块灵石其中之一,为狼族世代狼王所有,二十多年前,张浪企图利用火灵石的力量消灭人类,被狼王阻止未能得逞。狼王之子御凌风在战乱中失踪,下落不明。时间来到2018年,城市中出现多起奇怪杀人与人口失踪案件,命令警员赵小龙与第九局编外人员御凌风调查此案。调查过程中,上官沫雪带着狼族大祭司之子小杰找到了御凌风,小杰解读出了狼族古书的内容,众人这才得知张浪企图利用火灵石的力量,启动狼族古老的阵法来使自己获得强大的力量,从而消灭人类。御凌风与第九局众人前往阻止张浪。最终,御凌风在上官沫雪的帮助下打败了张浪,拯救了人类。。某天,毛利侦探事务所接到了知名舞台剧女演员牧树里的委托。委托内容是牧树里收到怪盗基德预告信,信中指出怪盗基德将在舞台上夺取牧树里佩带的蓝宝石戒指“命运的宝石”。于是毛利小五郎接受保护宝石的工作,依据毛利小五郎的推理,基德将在演出的最后一天前来盗取这颗无价的宝石。在演出的最后一天,毛利小五郎、小兰和柯南受邀观赏舞台剧,在剧场里错综复杂的人群中,基德到底会假扮成谁出现在大家面前,在紧张的埋伏等候中,出现在大家面前的竟然是工藤新一,柯南一方面必须保护宝石,另一方面又不能拆穿基德假扮的工藤新一,因为拆穿基德就等于公开自己身体缩小的秘密。柯南只好盯紧假的工藤新一,一刻都不能松懈。就在舞台剧即将落幕之前,柯南发现假的工藤新一不见了,随即追上,但却在一片混乱之中让基德逃脱了。不过,“命运的宝石”终究是保护住了,牧树里为了表示感谢,邀请毛利侦探前往北海道函馆的别墅度假,同行的还有一同演出的其他演员。就在大家都搭上飞机前往函馆的机舱时,一幕精心设计的杀人剧就在大家面前上演了。柯南除了要防止基德再度混入人群中,又要解开发生在飞机上的密室杀人事件,到底柯南要怎么行动呢?。