冷酷英俊的M国特工陈凯伦在一次秘密行动当中,与勤工俭学的大学生李梦璃在画摊偶然相识,陈凯伦原本想借画摊作为掩护等待嫌疑人落网,但因为小事两人产生了矛,导致嫌疑人逃跑。原以为任务就此失败,陈凯伦却在李梦璃的画作上发现了嫌疑人的身影。到了第二天,陈凯伦来到李梦璃所在的大学校园,这里鸟语花香,绿树成荫。一番搜寻后,陈凯伦终于找到了李梦璃,本想寻求她的帮助,但两人有身份认知的问题:陈凯伦不能暴露身份,李梦璃怀疑他是不法分子,两人结伴追凶,但彼此的误会越来越大。而随着嫌疑人的身份越来越清晰,李梦璃竟然发现他是自己的恩人……。一日,致力于研究化学X神秘物质的ユートニウム博士跟助手同时也是他儿子肯发现了一种新物质Z。这种物质发射出一道白光跟一道黑光,在东京城中放出。 这道白光打到了初中一年级生赤堤ももこ、豪徳寺みやこ、松原かおる这3个女孩身上,于是,3个飞天小女警诞生了!! 与此同时,那道黑光打到了东京动物园里。一座猴子山上的猴子变成了飞天小女警们的宿敌。小女警们将怎样保卫这座城市呢?……。