原本拥有美满生活的拉菲克有一天突然无端发狂,砸烂了办公室并跳出窗外,人们以为他企图自杀。最终拉菲克被捕入狱。四年后,拉菲克刑满出狱,他心里只有一个念头:带儿子去看看他的发现——他一切行为的源头。尽管妻子和岳父极力阻止,他还是从学校带走了儿子。在躲避警察的过程中,他们偶遇了一位牧羊人,并在一座乡间小屋过夜,事情开始变得奇怪了起来……。一群疯狂的科学家,为了自己的梦想,研制出一套只需要少许基因便可复制出宠物小精灵的机器,并把发掘到的世界最强宠物小精灵——梦幻的睫毛,复制成了拥有比梦幻更强能力的——超梦。但当超梦醒来后,却因无法找寻到真正的自我而暴走,将岛屿上的研究所夷为平地。
这时候,火箭队的老大出现在超梦的面前,用花言巧语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己办事,但没过多少时间,超梦再次对自我感到迷茫,也彻底对利用他的人类感到失望,爆炸在火箭队老大基地又一次出现,超梦也离去了,回到那个复制它的岛屿,决定开始它的复仇之战。
另一方,正在草原野餐的小智一行,也迎来了他们新的故事……。