琴的死亡在X战警中造成了持续的影响,斯科特和金刚狼罗根恍然若失。学院的教学任务落在了风暴女和金刚狼等人的肩上,异种人在这里才能得到身份的认同。某公司从一名异种人儿童的基因中提取出了还原变异的X基因的“解药”,可以令异种人的身体与常人无异,解药的问世在异种人中引起了强烈反响,万磁王四处联系不愿改变体质的异种人,试图用暴力反抗人类社会的不公平待遇。金刚狼等人发现琴并未死去,而且她被唤醒的第二重人格拥有极为强大的力量,X教授和万磁王各自争取琴,她成为了改变异种人世界的关键人物……。赛斯上校及其同伙因对平民展开报复行动被送到军事法庭审判,他为了避开终生监禁的刑期,而与皮斯卡法官达成认罪协议,但皮斯卡出尔反尔,赛斯相当生气,在逃狱后挟持了皮斯卡所搭乘的客机,打算将皮斯卡携带的间谍资料公诸于世,让皮斯卡身败名裂。军方派出救援队却宣告失败,救援队唯一的生还者麦特跟空服员凯丽携手合作,一起制服了劫机犯,凯丽在机场人员的指导下顺利让飞机安全降落。。