本剧讲述的是嘉靖与海瑞的故事。嘉靖三十九年,贪墨横行、民不聊生。奸臣严嵩(倪大红饰)党羽密布、权倾朝野,清官海瑞(黄志忠饰)不惧强权,敢于向腐朽封建的皇权发起挑战。皇帝朱厚熜(陈宝国饰)练道修玄二十载,始终把控着大明朝的军政、经济大权。当时的中国经济发达,市井文化也算繁荣,但社会各阶层矛盾突出,国家大面积实施的土地兼并使千百万农民一夜之间失去了赖以生存的土地。严嵩的专权引起了地方各级官员的不满,“倒严”之声甚嚣尘上,从上至下、从里到外,从朝廷到地方官府,到处充斥着尔虞我诈、勾心斗角的血雨腥风。忠臣良将与乱臣贼子纷纷登上了当时的历史舞台......。宁静的九州乡间小镇,生活着平凡的少女岩户铃芽。这天上学路上,她邂逅了神秘的白衣青年宗像草太。草太的言行举止引起了铃芽的好奇,她随着这个青年来到了一处废墟,并看到了一扇在水中央突兀伫立的门。懵懵懂懂,铃芽无意间解开了某个古老封印。在此之后,一场地震突发,而偏偏只有铃芽才能看见地震前发生的诡异现象。随后这个惶恐的女孩才发现,草太原来是有着古老传承的闭门师,他巡游日本各地正式为了阻止更大的灾难发生。
从西日本到东日本,追逐灾难的旅途中,铃芽尘封的记忆也渐渐苏醒……。