突袭世界的大灾难“第二次冲击”后,世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他,却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下,特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下,并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的,却是是父亲冷酷地命令:驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。
本已表示拒绝的真嗣,看到重伤的替补驾驶员绫波丽后,决定遵从父亲的命令。就这样,从未受过作战训练的真嗣,准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
世界的命运托付在了一位年仅14岁的少年身上,而“第二次冲击”所隐藏的“人类补完计划”似乎也开始了行动。掌握一切答案的碇元渡,却只是不动生色地观察,仿佛一切早已写入剧本。。清康熙二年,八旗总教头高雄因触犯满汉通婚之法,被肃亲王指使蝙蝠法师截杀,危急关头,高雄绑架肃亲王的小贝勒出逃,岂料他意外将小贝勒勒死。十四年后,江湖上有“奇门”和“遁甲”二人法力高强,虽然他们为人古怪但不时造福一方。在奇门遁甲生活的镇上,就潜藏着多年隐姓埋名的高雄。高雄当年捡到一个孤儿“树根”,尽心尽力将其抚养成人。不久后高雄身份暴露,蝙蝠法师再度追杀,并计划将树根伪装成昔日失踪的小贝勒,便于自己控制朝廷。高雄力战蝙蝠法师身死,树根只得向奇门、遁甲二人求助,遂引发数场不可思议的法术对决。。