1948年春,保密局南京站二处侦防科科长李梅在一次行动中脑部受重创造成部分失忆,忘记了自己共产党员的身份。中共情报员佯装叛变设计让李梅的记忆复苏。和党组织恢复联系后的李梅配合组织完成任务,同时找准时机吸纳中央陆军大学战术教官高峰。保密局南京站站长胡一夫一直暗中监控李梅,李梅几次险象环生。期间她与高峰出生入死,擦出了爱情火花,结为连理。最终李梅协助高峰率部宣布起义,解放军百万雄师渡江,南京解放 。。动物基因组学(帝王计划)研究机构的一个小组在一座庙里研究着魔斯拉。她从幼体中孵出,在一群雇佣兵袭击这个机构时,魔斯拉逃了出去。然后她在一个瀑布包了茧,随后破茧而出,完成了全形态生长。在2014年,哥斯拉被整个世界看到后,“帝王组织”在水下建了一个基地,在这个位于水下好几英里的水中基地中,他们研究着哥斯拉和其它可能存在的生物。那是他们真正的研究核心。
长期沉睡于地底和冰川里面神秘的巨兽在星球上面已经有上万,甚至好几万年的历史,它要把这个星球重新夺回它自己的手下。为了大自然的生态平衡,哥斯拉苏醒了,它去消灭那些未来可能会去损害大自然平衡的生物。后来,哥斯拉和魔斯拉、拉顿以及它的强敌基多拉相遇。此前一直被认为只存在于神话当中的古老的超级怪兽一一登场,他们将为争夺“怪兽之王”而战,人类的生存也受到严重威胁……。