公元1582年(万历十年)夏天的北京,怪事与奇案叠起。先是大明内库储银不翼而飞,从各地府县运来的大宗税银突然不知去向,国家铸银局的熔银大炉也因无银可铸而被迫停炉;接着便是被送入诏狱的两个江洋大盗神秘越狱,城外一个以做棺材为业的村子在一夜之间被杀戮一空;更可怕的是,一股来路不明的号称“江洋八子”的犯罪集团突然现身大街小巷和王公府邸……。ユーロ・ブリタニアとユーロピア共和国連合(E.U.)の戦争は大きな転機を迎えようとしていた--。E.U.を混乱に陥れたテロリスト「方舟の船団」。それがユーロ・ブリタニアの計略だと見破ったアキトたちは、その本拠である大型飛行艇ガリア・グランデへ乗り込み、因縁の敵・アシ ュレイと激しい戦闘を繰り広げる。戦闘を見守るレイラだったが、突如アキトたちからの連絡が途絶する。必死の通信を試みるも、アキトたちが不在のヴァイスボルフ城がユーロ・ブリタニアの襲撃を受ける。戦力も無く、兵士もいないレイラたちの前に、聖ミカエル騎士団総帥のシンが操る黄金のナイトメアフレーム・ヴェルキンゲトリクスが森を駆け、圧倒的な攻撃力で迫りくる!wZERO部隊が絶体絶命の時、首都パリでは、スマイラス将軍によるクーデターが決行される。E.U.政権を掌握したスマイラスは国民に宣言する。「レイラ...。