1992年,一架飞碟突然出现日本上空。飞碟走下三名自称时来自23世纪地球联邦机构的官员,他们要求直接与日本首脑对话,敦促日本尽快消灭哥斯拉,防止重蹈未来亡国的命运。
专事研究各种神秘事件的寺泽健一郎(丰原功补 饰)在未来写过《哥斯拉诞生》一书,其中披露了这只恐怖怪兽诞生的秘密。根据这本书的记载,未来人提出要健一郎、曾在太平洋战争期间目击哥斯拉的恐龙专家真崎洋典(佐佐木胜彦 饰)以及国家超科学研究中心成员三枝未希(小高惠美 饰)乘坐时光机返回1944年的拉哥斯小岛,试图将哥斯拉传送到别的地方。
寺泽他们的行动取得成功,但是20世纪却出现了另一头怪兽三头金龙王。种种诡异事件的背后,可怕的危机遽然降临……。欧文的叔叔在经营着一家以动物表演闻名的马戏团,但一场大火却让叔叔意外去世,马戏团的表演场也全部化为灰烬。此时,继承马戏团的重担落在了欧文身上,但他却显得犹豫不决,而在叔叔的葬礼上,叔叔的哥哥霍勒肖放话要继承马戏团和宝藏,小丑也将一盒贴着“绝对不能吃”的动物饼干交给了欧文,令局势更加混乱……。