1991年6月29日(土)に東宝系にて劇場公開作品。
TV版のラストから3年後のストーリー。テレビ版から続投するのはナディアとジャン、グランディス、サンソン、ハンソンの5人だけであり、マリーやキング、エアトン、エレクトラを始めとするノーチラス号乗組員はナディアの回想シーン以外では登場しない。この回想シーンは映画序盤で断続的に30分ほど続き、作画はテレビ版の流用である。TV版最終回で存在が明らかになった、エレクトラとネモ船長の子供も登場しない。
当初はガイナックスが制作する予定だったが、監督の庵野秀明はテレビ版で燃え尽きたとして担当せず、プロットとキャラクターデザインを作った段階でガイナックスは予算を使い果たしてなお完成させることができず、残りをグループ・タックが制作した。ガイナックスはプロットとデザインの他、劇中のテレビ版のダイジェストの編集のみを担当。そういったドタバタが災いしてか、映画自体は高い評価は得られなかった。武田康廣の回想録によれば、このときグループ・タックに踏み倒した格好の5000万円が返済されるのは『新世紀エヴァンゲリオン』のヒット以降になる。。故事发生在1860年左右,经过鸦片战争沉重打击后灾难深重的中国。英国奸商林赛男爵为了牟取暴利,与腐败的清朝总督冯周勾结,大肆向中国走私鸦片。 正直的英国总督爱德华子爵试图阻止他们的犯罪行为,却被林赛男爵和冯周秘密杀害。为了斩草除根,林赛和冯周又派杀手去杀害爱德华的儿子、年仅十岁的乔纳森,乔纳森被川剧戏班的陈诚救出,躲藏一个小山村里,与几个中国孩子茜华(女)、田冲、单飞等一起长大成人,并跟随武林高手裴叔学会了中国功夫。时光荏苒,乔纳森在裴叔的调教下成为一名武林高手,但是由于他的外籍身份,却得不到川剧戏班中其他人的信任。乔纳森苦于空有一身武艺却难报血海身仇,裴叔告诉乔纳森,之所以传授武术给他,是因为他心中有神龙的力量,武术的最高境界,并不是永无休止的杀戮。裴叔期待着乔纳森找到真正释放自己全部力量的时机。为了阻止林赛和冯周走私鸦片和贩卖华人劳工的罪恶行为,乔纳森主动要求前往林赛家探听消息,不料却被发现和追杀,在逃跑途中,乔纳森和田冲无意中把林赛的女儿普里西拉带回山村,关押起来。普里西拉用花言巧语蛊惑乔纳森,乔纳森擅自将她放出,裴叔前来阻止,被普里西拉施毒重伤,生命垂危。为了弥补自己的过失,乔纳森只身前往林赛家的花园采来了解毒草药,挽救裴叔的生命。与此同时,普里西拉带领清兵和英国军队到小山村围剿川剧戏班,陈诚不幸被捕。林赛男爵垂涎于冯周的财富,把普里西拉嫁给冯周为妻。他们决定举行一个盛大的婚礼,并在婚礼上把陈诚杀害作为送给普里西拉的结婚礼物。乔纳森化装成川剧艺人和裴叔等人一起混入总督府,经过一番激烈搏斗杀掉冯总督,恶战中,乔纳森彻底释放了心中神龙的力量,到达了武术的最高境界。。数千年后的未来,进入宇宙空间的人类,被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年,以无边无际的广袤银河为舞台,重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败,以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后,宇宙历8世纪末,两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆,以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军,展开了不知道是第几次的冲突。。