因为一场灾难,展氏集团千金展翎与女儿失散。多年以来她一直寻找不到女儿的下落。直到一天她资助的山区送来了的感谢信,她意外看到参杂在里面的苏萱宁的求救信,决定前往相助,母女即将重逢。但却被心机女冒名顶替……。清末,宝芝林所在的广东地区出现饥荒,不料朝廷的赈灾银两却被一伙不知名的贼人所劫。黄麒英和知府到现场查探,根据在案发现场得到的蝙蝠形状的飞镖,判断此案有可能是江洋大盗黑蝙蝠所为。
真正的黑蝙蝠(李淮南)知道自己被人嫁祸,也带着跟班梁宽来到广东,希望暗中调查,为自己洗脱冤屈。他一方面以医生的身份救济灾民,一方面以黑蝙蝠的身份,劫富济贫,暗夜来到各大商行和知府家中,逼迫他们捐出银两,来解除广东的灾情,商行和知府惶惶不可终日,只得捐出大量银两。
其实,假冒黑蝙蝠,劫走赈灾款的幕后真凶是八王爷,他企图用劫来的银两购买武器,为其日后疯狂的计划做准备,谁知真正的黑蝙蝠以及朝廷神捕杨长风都来到了广东追查此事。
神捕杨长风决定使出暗度陈仓的计策,假意让人押送银两,实则是为了引出黑蝙蝠。押送银两的队伍出发后,李淮南担心假黑蝙蝠再伺机抢劫,便带着梁宽也暗中跟随保护银两,并遇到了八爷手下的红玉一伙人。
最终,黄飞鸿为李淮南洗清了冤屈,黄飞鸿也因此受到了朝廷表彰,杨长风则放走了李淮南,随便抓了一个劫银的贼人当作黑蝙蝠,回京复命。李淮南则准备远渡重洋学医,把梁宽托付给了黄飞鸿,继而黄飞鸿收了梁宽做徒弟。。叶子和LISA因为去不去救安静而产生分歧,结果被打晕的安静意外出现在安全屋,叶子坦白自己实为特工队长、安静和吴斌的直属上司。安静表示自己大脑已被R计划严重破坏,现在痛不欲生,希望结束生命。Lisa和叶子意外获得解药救活了安静。叶子和LISA参加最终赌局,混乱之下打死泰山老爷,发现被打死的泰山老爷实为替身。与此同时,安静救走了被当做试验品的吴斌,几经周折,终于将真正的泰山老爷绳之以法。。