1992年,一架飞碟突然出现日本上空。飞碟走下三名自称时来自23世纪地球联邦机构的官员,他们要求直接与日本首脑对话,敦促日本尽快消灭哥斯拉,防止重蹈未来亡国的命运。
专事研究各种神秘事件的寺泽健一郎(丰原功补 饰)在未来写过《哥斯拉诞生》一书,其中披露了这只恐怖怪兽诞生的秘密。根据这本书的记载,未来人提出要健一郎、曾在太平洋战争期间目击哥斯拉的恐龙专家真崎洋典(佐佐木胜彦 饰)以及国家超科学研究中心成员三枝未希(小高惠美 饰)乘坐时光机返回1944年的拉哥斯小岛,试图将哥斯拉传送到别的地方。
寺泽他们的行动取得成功,但是20世纪却出现了另一头怪兽三头金龙王。种种诡异事件的背后,可怕的危机遽然降临……。住在青森的泽村雪从小听着外公松吾郎的津轻三味线长大,自己也弹得一手好琴,不过,却被外公说那只是在模仿他。 松吾郎死后,听不见外公琴音的空虚令雪决定离开故乡前往东京。 可是,不适应大城市的雪却在六本木被混混缠上,所幸路过的酒店公关优奈出手救了他,正朝著梦想努力的优奈在雪身上看见了自己,于是决定收留他……。