新奥特Q全集讲诉的是在奥特Q之后的第47年,地球再次发生异变,三人组南风原仁,渡良濑绘美子,白山正平遇到了很多奇怪的事件。与奥特Q黑暗幻想相比,它映射的话题内容更为深刻敏感,涉及人性、科学研究、人权甚至是民主的探讨。。应该是从遥远的宇宙彼方K隆星来侵略地球的KERORO小队,在剧场版中却将地球从可怕的危机中拯救出来……这一次,KERORO军曹的面前出现了最新!最恶!最强的敌人!!
故事讲述冬树与KERORO小队一起去印加帝国的马丘比丘足迹参观,喜欢神秘事物的冬树当然是大为高兴,可是KERORO的脑袋里面装满了要侵略地球的事情。他们在那里因为迷路而发现了遗迹,后来因为突发状况而不得不从那里逃出。但在那时,冬树一瞬间看见了一位伫立在迷途中的少女。抱着对少女的不解之迷,冬树与KERORO回到了东京。不过这时,最强的敌人出现在了他们面前。样子和KERORO一模一样,但与KERORO不同天空対決戦tテンクウたい的是,他是要迅速且透彻地策划侵略地球的黑暗KERORO。他带领着部下CIBABA、DORURU、MIRURU一起在世界各国开始了侵略行动。而迎击这一切的KERORO小队的命运是?……。化名法伊斯的杀手(Karra Elejalde 饰)在自己暂时打工的店里看到了一位少女,陷入了持续的恍然若失,老板对他散漫状态的指责让杀手勃然大怒,他打晕了老板,回到昏暗的住处,向女友透漏了自己的计划,原来少女是杀手十年前杀害的女画家的遗孤,当年血腥的场面让女孩精神失常,失去了言语的能力。杀手要消灭目击证人。
但是计划进行的并不顺利,杀手无法加害这位智障的美丽少女,反而对她产生了阴暗而无力的兴趣。女友无法忍受这一切,向曾经收容少女的康复中心提出了勒索,一位护士想靠一己之力解救少女,最后却被杀手杀害。
浓重的夜色中,三人躲进了一座荒废的教堂,等待他们的,是无法冲破的悲情绝路。。