《参生儿》以上世纪70年代首尔为背景,讲述了因身体虚弱差一点儿死去的女主人公,经过苦难逐渐成长为中医的故事。。为了成为一名出色的神仙,家族长男神山佐间太郎(岸尾大辅 配音)和一干神之家人来到人间开始了他们的修行。结果,在父母过分的溺爱以及姐姐和妹妹的捣乱下,佐太郎居然成为了一个对什么事情都打不起精神的颓废男,眼看着离自己最初的梦想越来越远,这可怎么办才好?
神仙也要上学呀。某一日,佐太郎的班上转来了一个孱弱的美少女小森久美子(前田爱 配音),久美子的出现让佐太郎眼前一亮立刻坠入了爱河。就算是为了让久美子获得幸福,也要加倍努力啊!就这样,重新振作起来的佐太郎对父母隐瞒了自己陷入恋情的消息,决定靠自己的力量,成为能够配得上久美子的神仙。。位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人,其中约8成是学生的这座都市中,实施着超能力开发的特殊课程,学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。
高中生上条当麻,也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力,就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”,而被评价为名落孙山的“无能力”,过着充满不幸的人生。
而上条的学生生活,由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始,上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方,在惊险地解决双方事件的过程中,他的人际关系也逐步扩展。之后,魔法一方的十字教最大宗派罗马正教,终于注意到上条的存在……。
如同呼应魔法方一般,科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联,而使命运大为改变的“英雄”们。
他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。
科学与魔法第三次交织之时,故事将大幅推进!!。