《忍者龟》新系列的故事发生在纽约曼哈顿,在热闹的市区的地下水道里,生活着主人公:四只少年忍者龟和一只六英尺高的老鼠——他们的老师斯普林特。 某一天,作为人类的斯普林特不幸遭受了一种神奇绿色物质的辐射,变异成了一只老鼠,而他随身携带的四只宠物龟也开始发生了变化......。200X年…现在日本…被神秘的外星人盯上了!不知道为什么,他们攻击的目标都是日本的观光景点!为了保护日本的文化,政府组织了特别防卫队,保护日本不受外星人攻击的防卫队员…她们就是…3位小学生。「超能力开发研究所」突然遭到无数不明物体的攻击,研究所已经完全被破坏殆尽。混乱中,原本在研究所中的超能力者令与纱绫香趁隙逃了出来。数月之后,不明物体的攻击再度出现,这次的目标竟然是纱绫香,翔一闻讯之后立即变身为假面骑士亚极陀,与G3-X一同前住救援。但战斗中G4的出现让大家非常震惊。在两个月前,G4的蓝图被盗,它的力量过于强大,所以装备它的人都会性命不保。到底是谁偷走G4设计图又制造了它?不明物体的攻击到底来自何方?假面骑士亚极陀,G3-X,G4与不明物体之间的战争一触即发!。