故事发生在一个宁静的夜晚,在西南边陲某个地区,圆形土楼迎来了暴雨之夜。身着传统服装的年轻女子打着雨伞冲出土楼,在廊桥处放了一盆花后继续前行。白发少年坐在窗口大快朵颐,他看到女孩越跑越近,于是故意将一个花盆碰了下去。花盆在女孩的背后摔得粉碎,她只稍稍停下看了看,也不顾少年的搭讪,继续向前方跑去。少年感到好奇,于是也穿戴蓑衣斗笠跟了过去。不久女孩来到云海缭绕的山顶,几声铃响过后,云海另一头驶来神秘的孤舟。女孩乘上船,驶向了远方……。遥远的未来,地球一度变成冰冻星球。幸存的人类移民外太空,建立了繁荣的殖民星球阿瓦隆,并与外星人成立人类银河联盟。与此同时,名为希迪尔斯的异形肆虐繁殖,与联盟展开旷日持久的战争。在一次针对希迪尔斯母星的战役中,年仅16岁的少尉雷德(石川界人 配音)所在部队遭遇猛烈抵抗。撤退途中,雷德不慎被卷入时空裂缝,与他所驾驶的歼灭兵器钱伯坠落在地球的汪洋中。钱伯被人类打捞到加尔刚蒂亚舰团之上,面对这个与印象中完全不同的人类发源之星,雷德不知所措。在此期间,他和可爱的少女艾米(金元寿子 配音)沟通交流,并成功帮助他们挫败海盗的进攻,赢得地球人的信任。
由于无法联系到友军,雷德只能暂时留在地球。自幼只知道战斗和服从命令的他,面对这群全无纪律和效率可言的人类,心中最深层的情感慢慢苏醒……。