宁静的九州乡间小镇,生活着平凡的少女岩户铃芽。这天上学路上,她邂逅了神秘的白衣青年宗像草太。草太的言行举止引起了铃芽的好奇,她随着这个青年来到了一处废墟,并看到了一扇在水中央突兀伫立的门。懵懵懂懂,铃芽无意间解开了某个古老封印。在此之后,一场地震突发,而偏偏只有铃芽才能看见地震前发生的诡异现象。随后这个惶恐的女孩才发现,草太原来是有着古老传承的闭门师,他巡游日本各地正式为了阻止更大的灾难发生。
从西日本到东日本,追逐灾难的旅途中,铃芽尘封的记忆也渐渐苏醒……。次郎是光明寺博士为了替代死去的儿子一郎而倾尽心血的产物,但是作为一个有自主意识的人造人,次郎的思维装置——良心回路在完成的时候出了问题。人类害怕次郎,因为次郎可以不断学习,最后超越人类;而机器人也讨厌次郎,因为拥有良心回路的机器人更加接近人类。并且,有良心回路的机器人是可以拒绝命令的,这更是让次郎被人类和机器人两边都排斥的原因。 在于基路教授战斗中,次郎一边通过战斗学习促使良心回路成长,一边寻找光明寺博士的下落。这时,自称次郎的弟弟的人造人三郎为了确认自己存在的意义而向次郎发起了挑战,而让次郎无法还手的利用就是,冷酷的基路教授把光明寺博士的脑放在了三郎体内!!。