昭和二十二年,北海道岩内某当铺一家三口被人杀害,店铺遭到焚毁。不久台风来临,行驶于津轻海峡的曾云号沉没,500多人丧生。警方在核对海难死者身份时,发现两具不明身份且伤痕可疑的尸体。经调查,得知二人系网走监狱的刑满释放人员沼田和木岛,失踪前曾与一名叫犬饲多吉的人在一起。函馆警察弓坂直觉此案与犬饲有关,但犬饲犹如人间蒸发一般,此案最终不了了之。
十年后,杉户八重和一名男青年的尸体从海中打捞上来,警察味村时雄判定二人并非自杀,男青年的主人——实业家樽見京一郎则拥有重大嫌疑。随着调查深入,那起沉疴十年的悬案也一同浮出水面……。杏奈がダンナーベースを出て行ってから3ヶ月が過ぎた…。3ヶ月前に大量発生した擬態獣との戦いは、ゴオ&ミラの活躍によって終息を迎えつつあった。しかし、ミラは原因不明の病によって気を失うことが多くなっていた。 そんな中、擬態獣の出現によりゴーダンナーは危機的状況に…。最後の望みをかけて静流は杏奈を迎えに行くが…。果たして、杏奈はゴーダンナーのピンチを救い、再びダンナーベースに戻れるのか!?そして、封印から目覚めたロボットが今動きだす!!。