美军阿拉巴马号核子潜水艇再次出航任务时却意外进入时光隧道,只有狄更斯舰长一人生还,虽然X与大众怀疑他的说词,但是蓝斯博士却肯定这可能性,并请他担任时光之旅的潜水艇指挥官,与漂亮能干的马杰丽女博士,重闯神秘百慕达三角洲。他们终于在同一地点再次进入2077年的未来世界,遇到正阴谋引发世界核子大战以达到控制全世界野心的恶魔布莱德克。幸好狄更斯在2077年的后代约翰是抗暴领袖,在一番暴力抗争后终于协助他们逃回潜艇!为了挽救未来世界,他们必须安全返抵美国,改变罪恶的人类历史命运。。蜘蛛侠在经历了重重考验之后,成为了人人敬仰的正义英雄,抱得美人归。但是,光环下蜘蛛侠,也有自己的心病:他在第一集时放走了小偷导致最亲爱的叔叔被小偷杀死,帕克一直耿耿于怀。
生活顺意的帕克开始变得目中无人,当他再次抓到那个小偷时,残忍地看着他从楼上摔下致死,过后才发现自己惩罚错了人,真凶是“沙人”。当帕克将“沙人”残忍杀死后,帕克心内的阴暗面渐渐在帕克的身体内占据了上风,蜘蛛侠最终演变成邪恶的“毒蜘蛛”!糟糕的是,帕克没有察觉到自身的变化,帕克最终如何摆脱自身的邪恶?。